Azioni del progetto CHEESR

Azione 1

Caratterizzazione fenotipica delle razze e delle specie autoctone (es. descrittori primari e secondari delle razze, biometrici, somatici, body condition score, ecc.)

Per le specie ovi-caprine oggetto del presente progetto l'attività di caratterizzazione fenotipica coinvolgerà i 10 tipi genetici autoctoni selezionati (Pecora Sarda, Pecora Istriana, Pecora Comisana, Pecora Massese, Ovino delle Langhe, Pecora Fabrianese, Pecora Gentile di Puglia, capra Camosciata delle Alpi, capra Garganica e capra Nicastrese) prediligendo i seguenti caratteri: apparato mammario, apparato locomotore, BCS, presenza tare e/o difetti.
La raccolta dati avverrà sia in popolazione che in stazione sperimentale, avvalendosi delle stazioni di controllo di Asciano (Siena), Monastir (Cagliari) e Bonassai (Sassari).
Durante il primo anno di attività sarà sviluppata una scheda di valutazione ad-hoc che sarà poi utilizzata in campo. La scheda conterrà un punteggio per ciascuna delle macro regioni precedentemente identificate, oltre che un flag per presenza (1) o assenza (0) di una serie tare e/o difetti. Queste informazioni consentiranno una nuova e più completa descrizione delle razze a livello fenotipico, enfatizzando gli eventuali caratteri deleteri o sfavorevoli.
Inoltre, i dati raccolti saranno propedeutici alle successive azioni di caratterizzazione genetica (azione 2), di stima di indici genetici/genomici finalizzati al benessere (azione 4), di rilevamento dati in stazione di controllo (azione 5) ed all'individuazione di caratteri di resistenza genetica (azione 7).

Attività	Risultati attessi (IOV)			Attività svolta	Obiettivo raggiunto (SI/NO)	Step	Risultati (Evidenze / riferimenti / link)
	Step 1	Step 2	Step 3
Attività 1.1 Sviluppo scheda caratterizzazione fenotipica	Scheda Caratterizzazione Fenotipica			Sviluppo di due schede di caratterizzazione fenotipica, una per le razze caprine e una per le razze ovine	SI	1	1.1_A_SchedaPSRN_Valutazione_Morfologica_Caprini 1.1_B_SchedaPSRN_Valutazione_Morfofunzionale_Ovini
Attività 1.2 Raccolta dati in stalla		Dati raccolti in >=4 razze e 40 allevamenti	Dati raccolti in >=4 razze e 40 allevamenti	Visita di 92 allevamenti di Camosciata delle Alpi, Garganica, Nicastrese, Comisana e Massese	SI	2	1.2_A_ElencoAllevamentiVisitatiPSRN_ValutazioneMorfoFunzionale 1.2_B_Valutazioni_MorfoFunzionali_PSRN_CamosciataAlpi 1.2_C_Valutazioni_MorfoFunzionali_PSRN_Garganica 1.2_D_Valutazioni_MorfoFunzionali_PSRN_Nicastrese 1.2_E_Valutazioni_MorfoFunzionali_PSRN_Massese 1.2_F_Valutazioni_MorfoFunzionali_PSRN_Comisana.xlsx
						3

Azione 2

Caratterizzazione genetica delle razze e delle specie autoctone ed allevate in Italia (es. azioni di caratterizzazione genetica per l'individuazione di linee di sangue da conservare e valorizzare, integrate, tra l'altro, dall'utilizzo di marcatori molecolari genetici (MAS), da segmenti di DNA informativi (GAS), dalla genomica (GS) e dall'epigenetica)

L'attività svolta nella presente azione verrà focalizzata sui 10 tipi genetici autoctoni ovi-caprini (Pecora Sarda, Pecora Istriana, Pecora Comisana, Pecora Massese, Ovino delle Langhe, Pecora Fabrianese, Pecora Gentile di Puglia, capra Camosciata delle Alpi, capra Garganica e capra Nicastrese) e su una razza caprina ad ampia diffusione (Saanen) e si concentrerà sull'introduzione ex novo dello strumento di caratterizzazione genomica con Chip a DNA a media e bassa densità (54K per i caprini e 50K e 18K per gli ovini).
L'attività sarà differenziata a seconda del tipo genetico e della sua consistenza.

Attività	Risultati attessi (IOV)			Attività svolta	Obiettivo raggiunto (SI/NO)	Step	Risultati (Evidenze / riferimenti / link)
	Step 1	Step 2	Step 3
Attività 2.1 Razze Pecora Istriana, Ovino delle Langhe, Pecora Fabrianese, Pecora Gentile di Puglia, capra Garganica e capra Nicastrese	Genotipizzazione >=100 animali per razza; 2 razze	Genotipizzazione >=100 animali per razza; 2 razze	Genotipizzazione >=100 animali per razza; 2 razze	Totale 611 soggetti genotipizzati di cui: 104 Delle langhe, 108 Fabrianese, 107 Gentile di Puglia, 81 Istriana, 100 Nicastrese e 111 Garganica	SI	1	2.1_A_MatricoleGenotipizzatePSRN_OvinoDelleLanghe 2.1_B_MatricoleGenotipizzatePSRN_Fabrianese 2.1_C_MatricoleGenotipizzatePSRN_Garganica 2.1_D_MatricoleGenotipizzatePSRN_Nicastrese 2.1_E_MatricoleGenotipizzatePSRN_GentileDiPuglia 2.1_F_MatricoleGenotipizzatePSRN_Istrana
						2
						3
Attività 2.2 Pecora Sarda, capra camosciata delle Alpi, Capra Saanen, Pecora Comisana e Pecora Massese	Genotipizzazione >=500 animali	Genotipizzazione >=1500 animali	Genotipizzazione >=1000 animali	Totale 5470 soggetti genotipizzati di cui: 1504 Sarda, 375 Massese, 541 Comisana, 2128 Camosciata delle Alpi e 922 Saanen	SI	1	2.2_A_MatricoleGenotipizzatePSRN_Sarda 2.2_B_MatricoleGenotipizzatePSRN_Massese 2.2_C_MatricoleGenotipizzatePSRN_Comisana 2.2_D_MatricoleGenotipizzatePSRN_CamosciataDelleAlpi 2.2_E_MatricoleGenotipizzatePSRN_Saanen
						2
						3

Azione 3

Verifica di congruenza dei dati e delle informazioni

Tutte le azioni elencate nel presente bando presuppongono che i dati raccolti vengano previamente validati attraverso una serie di metodologie statistiche e controlli sistematici atti ad individuare eventuali anomalie o deviazioni dalla normalità.
Le metodologie applicate dipenderanno dal tipo di dato raccolto.

Attività	Risultati attessi (IOV)			Attività svolta	Obiettivo raggiunto (SI/NO)	Step	Risultati (Evidenze / riferimenti / link)
	Step 1	Step 2	Step 3
Attività 3.1 Controllo sul dato anagrafico	Numero di incongruenze anagrafiche sul totale dei record controllati (attese < 15%)	Numero di incongruenze anagrafiche sul totale dei record controllati (attese < 15%)	Numero di incongruenze anagrafiche sul totale dei record controllati (attese < 15%)	Valutazione incongruenze sulla base dell'età e sulla base degli errori mendeliani per le razze caprine e le razze ovine	SI	1	3.1_A_VerificaInformazioniAnagrafiche_Step1
						2	3.1_B_VerificaInformazioniAnagrafiche_Step2
						3	3.1_C_VerificaInformazioniAnagrafiche_Step3
Attività 3.2 Verifica del dato quantitativo	Statistiche sui caratteri analizzati	Statistiche sui caratteri analizzati	Statistiche sui caratteri analizzati	Analisi delle produzioni, della morfologia e dei difetti	SI	1	3.2_A_AnalisiDescrittiva_ProduzionissGBLUP_CamoscitaDelleAlpi 3.2_B_AnalisiDescrittiva_ProduzionissGBLUP_Saanen 3.2_C_AnalisiDescrittiva_ProduzioniCellueleSomatiche_ComisanaMassese
						2	3.2_D_AnalisiDescrittiva_MorfologiaPSRN_CamosciataDelleAlpi 3.2_D1_AnalisiDescrittiva_Locomozione_CamosciataDelleAlpi_Step2 3.2_E_AnalisiDescrittiva_MorfologiaPSRN_Garganica 3.2_F_AnalisiDescrittiva_MorfologiaPSRN_Nicastrese
						3	3.2_G_AnalisiDescrittiva_Morfologia_LocomozioneBenessere_PSRN_Comisana 3.2_H_AnalisiDescrittiva_Morfologia_LocomozioneBenessere_PSRN_Massese
Attività 3.3 Verifica dato qualitativo	Frequenze	Frequenze	Frequenze	Analisi della frequenza dei caratteri qualitativi	SI	1	3.3_A_FrequanzeCaratteriQualitativiPSRN_CapriniOvini_Step1_2_3
						2
						3
Attività 3.4 Qualità dato genomico	Statistiche qualità genotipi (numero genotipi scartati su totale genotipizzati, atteso < 25%)	Statistiche qualità genotipi (numero genotipi scartati su totale genotipizzati, atteso < 25%)	Statistiche qualità genotipi (numero genotipi scartati su totale genotipizzati, atteso < 25%)	Analisi della qualità dei genotipi	SI	1	3.4_A_QualitàDeiGenotipi
						2
						3

Azione 4

Stima di indici genetici e genomici, di piani di accoppiamento e gestione riproduttiva in relazione alle nuove finalità (benessere animale, emissioni gas ad effetto serra nell'ambiente, miglioramento dell'efficienza riproduttiva e salvaguardia della biodiversità)

I dati raccolti nelle azioni 1, 2, 5 e 8 saranno propedeutici allo sviluppo di indici genetici e genomici con l'obiettivo di fornire agli allevatori strumenti di selezione per caratteri attualmente non disponibili. Questo soprattutto nell'ottica di fornire strumenti finalizzati al benessere animale e di migliorare la capacità di resistenza/resilienza degli animali e il loro adattamento alle condizioni di allevamento.
Le linee di azione si svilupperanno parallelamente su due direzioni, interessando sia la specie caprina che quella ovina:

• utilizzo di metodologie già validate ed applicate (valutazioni genetiche tradizionali)
• applicazione di metodologie innovative (valutazioni genomiche)

Nel caso della specie ovina, le attività saranno svolte sia nell'ambito della produzione di latte che in quella della carne.

Attività	Risultati attessi (IOV)			Attività svolta	Obiettivo raggiunto (SI/NO)	Step	Risultati (Evidenze / riferimenti / link)
	Step 1	Step 2	Step 3
Attività 4.1 Stima parametri genetici caratteri benessere	Ereditabilità e parametri genetici per Cellule Somatiche, intervallo tra i parti, età prima inseminazione	Ereditabilità e parametri genetici per BCS, Locomozione		Stima dei parametri genetici per cellule somatiche, interparto, età primo parto (età prima inseminazione), BCS e locomozione	SI	1	4.1_A_Relazione_UniversitàSassari_Step1 4.1_B_Interparto_EtàPrimoParto_MasseseComisana_Step1
						2	4.1_C_BCSLocomozioneBenessere_MasseseComisanaCamosciata_Step2
Attività 4.2 Sviluppo Valutazione Genomica Razza Camosciata delle Alpi e Saanen (metodo Single Step GBLUP)	>= 500 soggetti genotipizzati	>= 1000 soggetti genotipizzati	>= 1000 soggetti genotipizzati;	Sviluppo di una valutazione genomica con metodo ssGBLUP per Camosciata delle Alpi e Saanen	SI	1	4.2_A_SviluppoDellaValutazioneGeneticaSSGBLUP_Step1_2_3
						2
						3
						3	4.2_B_ConfrontoCorrelazioniTrend_CamosciataDelleAlpi_Step3 4.2_C_ConfrontoCorrelazioniTrend_Saanen_Step3
Attività 4.3 Razze Comisana e Massese (stazione di controllo Asciano)		Trend genetico Cellule Somatiche, intervallo tra i parti, età prima inseminazione; stima effetto stress da caldo	Trend genetico BCS, Locomozione, nati morti; ereditabilità persistenza	Calcolo dei trend genetici per i caratteri cellule somatiche, interparto, età primo parto (età prima inseminazione), locomozione, nati morti; stima effetto stress da caldo; ereditabilità persistenza	SI	2	4.3_A_CelluleSomatiche_ComisanaMassese_Step2 4.3_B_TrendInterpartoEtàPrimoPato_Massese_Step2 4.3_C_TrendInterpartoEtàPrimoParto_Comisana_Step2 4.3_D_EffettoStressCaldo_ComisanaMassese_Step2
						3	4.3_E_TrendBCSLocomozioneBenessere_Massese_Step3 4.3_F_TrendBCSLocomozioneBenessere_Comisana_Step3 4.3_G_TrendNatiMorti_Massese_Step3 4.3_H_PersistenzaLattazione_ComisanaMassese_Step3
Attività 4.4 Razza sarda	>= 200 soggetti genotipizzati	>= 700 soggetti genotipizzati	>= 500 soggetti genotipizzati;		SI	1	4.4_A_Matricole_Genotipizzate_PSRN_Sarda (Vedasi attività 2.2) 4.4_B_Relazione_CHEESR_AGRIS
						2
						3

Azione 5

Miglioramento delle risorse genetiche animali ad interesse zootecnico (RGAiz), valutazione della consanguineità e della diversità genetica nelle popolazioni e calcolo dell'inbreeding, rilevamento dati in stazione di controllo in ambiente controllato

Per quanto attiene alle attività relative al calcolo e valutazione della consanguineità ed alla diversità genetica si rimanda a quanto riportato nella azione 6.

Attività	Risultati attessi (IOV)			Attività svolta	Obiettivo raggiunto (SI/NO)	Step	Risultati (Evidenze / riferimenti / link)
	Step 1	Step 2	Step 3
Attività 5.1 Resistenza a parassiti: Conta delle uova nelle feci	>=1 allevamento campionato	>=300 animali controllati; statistiche descrittive	>=300 animali controllati; statistiche descrittive	Campionamento di un totale di 968 soggetti del Centro Genetico di Asciano	SI	1	5.1_A_Resistenza_parassiti_Step1_2_3 5.1_B_SoggettiCampionamentoFecale
						2
						3
Attività 5.2 Raccolta dati Locomozione, Cellule Somatiche, Sanità della Mammella ed Efficienza Riproduttiva	Media Mensile cellule somatiche; incidenza nati/morti; incidenza ritorni in calore	Media Mensile cellule somatiche; incidenza nati/morti; incidenza ritorni in calore	Media Mensile cellule somatiche; incidenza nati/morti; incidenza ritorni in calore	Calcolo di: Media Mensile cellule somatiche; incidenza nati/morti; incidenza ritorni in calore	SI	1	5.2_A_AnalisiDescrittiva_ProduzioniCellueleSomatiche_ComisanaMassese_Step1_2_3 5.2_B_NatiViviNatiMorti_ComisanaMassese_Step1_2_3.pdf 5.2_C_IncidenzaRitorniCalore_Step1_2_3
						2
						3
Attività 5.3 Raccolta tare genetiche Razza Comisana e Massese	Incidenza tare/difetti	Incidenza tare/difetti	Incidenza tare/difetti	Calcolo dell'incidenza delle tare e dei difetti nelle razze Comisana e Massese	SI	1	5.3_A_IncidenzaTareDifetti_ComisanaMassese_Step1_2_3
						2
						3
Attività 5.5 Raccolta dati climatici (Tolleranza al calore)		Andamento THI (media, massimo, minino)	Andamento THI (media, massimo, minino)	Analisi dell'andamento del THI	SI	2	5.5_A_AnalisiAndamentoTHI_Step2_3
						3

Azione 6

Monitoraggio della diversità genetica nelle razze autoctone italiane e relativa valutazione

Le attività incluse nella presente azione saranno diversificate sulla base della disponibilità o meno di materiale genomico (i.e., genotipi).
Secondo quanto previsto nell'azione 2, oltre 6000 individui appartenenti a 10 tipi genetici autoctoni ovi-caprini saranno genotipizzati durante i 3 anni di attività del progetto mentre nel caso dei rimanenti TGA (75) saranno disponibili le informazioni anagrafiche “tradizionali” (i.e. pedigree).
Sulla base di questa disponibilità saranno sviluppate 2 attività distinte in modo tale da fornire comunque un servizio di monitoraggio a tutte le razze, sebbene sviluppato a partire da dati di diversa natura.

Attività	Risultati attessi (IOV)			Attività svolta	Obiettivo raggiunto (SI/NO)	Step	Risultati (Evidenze / riferimenti / link)
	Step 1	Step 2	Step 3
Attività 6.1 Utilizzo di informazioni derivanti da array molecolari ai fini del monitoraggio della diversità genetica e delle signatures of selection		Numero di SNPs polimorfici, Eterozigosità attesa e osservata	Distanza genetica media, inbreeding medio	Calcolo del numero di SNPs polimorfici, eterozigosità attesa e osservata, distanze genetiche medie ed inbreeding genomico	SI	2	6.1_A_NumeroSNPpolimorfici_EterozigositàAttesaOsservata_Step2
						3	6.1_B_InbreedingGenomico_DistanzeGenetiche_Step3
Attività 6.2 Utilizzo di informazioni tradizionali ai fini del monitoraggio della diversità genetica e delle signatures of selection	Numero di ascendenti conosciuti per individuo, Ne e consanguineità media per >=50 razze	Numero di ascendenti conosciuti per individuo, Ne e consanguineità media per >=50 razze	Numero di ascendenti conosciuti per individuo, Ne e consanguineità media per >=50 razze	Analisi complessiva di 82 pedigree delle razze ovicaprine e pubblicazione di 11 report delle razze case – studies e dalla razza Saanen	SI	1	6.2_C_AnalisiDeiPedigree_Step3
						2
						3

Azione 7

Valutazione ed individuazione di caratteri di resistenza genetica alle principali malattie di interesse zootecnico

Al fine di sviluppare metodologie di selezione genetica/genomica per la resistenza a caratteri del benessere, saranno raccolti in stazione sperimentale (Centro Genetico di Asciano – Siena e Centro Genetico Agris) informazioni su i nematodi gastrointestinali misurati attraverso la conta delle uova per grammo di feci (Fecal Eggs Count, FEC) rilevata all'esame copromicroscopico quali-quantitativo (metodo McMaster secondo Raynaud, 1970 e metodo Flotac).

Attività	Risultati attessi (IOV)			Attività svolta	Obiettivo raggiunto (SI/NO)	Step	Risultati (Evidenze / riferimenti / link)
	Step 1	Step 2	Step 3
Attività 7.1 Verifica livello di infestazione Nematodi e raccolta individuale	Incidenza infestazione	Incidenza infestazione	Incidenza infestazione	Calcolo dell'incidenza per campionamento	SI	1	7.1_7.2_A_RelazioneUNIMOL_Step1_2_3 7.1_7.2_B_IncedenzaParassitosi_Step1_2_3
						2
						3
Attività 7.2 Analisi statistica dei dati		Ereditabilità carattere resistenza	Indice genetico carattere resistenza	Stima dell'ereditabilità e dell'indice genetico	SI	2
						3

Azione 8

Raccolta di materiale biologico e germoplasma (DNA, materiale seminale, ovuli ed embrioni, ecc.)

Obiettivo generale è da un lato la corretta gestione della variabilità genetica delle razze RA, nell'ottica di sviluppare e implementare modelli di gestione a basso costo da replicarsi in futuro nelle diverse razze italiane e dall'altro raccogliere e genotipizzare un numero consistente di soggetti appartenenti a tipi genetici autoctoni al fine delle azioni 2, 4, 5 e 6.
La gestione della variabilità genetica avverrà attraverso due strumenti: 1) raccolta e conservazione di materiale rappresentativo della razza, da utilizzare come back up nel medio e lungo termine nel caso insorgano problemi genetici nella razza; 2) raccolta e distribuzione di materiale a sostegno dell'allevamento, favorendo al contempo una corretta gestione della variabilità genetica.
Per quanto riguarda le genotipizzazioni, come già esposto nell'azione 2, i soggetti saranno selezionati all'interno dei 10 tipi genetici e genotipizzati con i 2 tipi di pannelli attualmente disponibili: Goat 50K SNP BeadChip e OvineSNP50 BeadChip. Il campionamento avverrà tramite tampone nasale in occasione dell'attività di caratterizzazione fenotipica (azione 1).

Attività	Risultati attessi (IOV)			Attività svolta	Obiettivo raggiunto (SI/NO)	Step	Risultati (Evidenze / riferimenti / link)
	Step 1	Step 2	Step 3
Attività 8.1 Costituzione Biobanca	Elenco attrezzature			Predisposizione della Biobanca	SI	1	8.1_8.2_8.3_8.4_A_Relazione_IBBA_CNR_Step1_2_3 8.3_B_IndividuazioneRiproduttoriMaschi_Step1_2_3
Attività 8.2 Sviluppo protocollo raccolta seme e formazione del Personale	Protocollo Raccolta seme	Protocollo Raccolta seme		Sviluppo e formazione del personale sul protocollo di raccolta del seme	SI	1
						2
Attività 8.3 Individuazione di un set di riproduttori maschi	>=20 soggetti/razza (<=9 razze)	>=20 soggetti/razza (<=9 razze)	>=20 soggetti/razza (<=9 razze)	Individuazione dei riproduttori maschi (vedasi relazione CNR e file integrativo con le liste degli animali)	SI	1
						2
						3
Attività 8.4 Raccolta e stoccaggio dosi	>=100 dosi	>=200 dosi	>=200 dosi	Raccolta e stoccaggio di 1025 dosi di seme appartenenti a 56 soggetti di razza Comisana, Massese, Nicastrese, Garganica, Gentile di Puglia e Delle Langhe	SI	1
						2
						3

Azione 9

Elaborazione delle informazioni raccolte (es. elaborazione di indicatori ed indici tali da minimizzare l'impatto ambientale degli allevamenti)

Sulla base di quanto rilevato nelle azioni 1 e 4 e delle attività svolte nell'azione 5, saranno sviluppati ed elaborati degli indici aggregati attualmente non disponibili combinando le informazioni derivanti da caratteri diversi (e.g. sanità della mammella e funzionalità apparato locomotore). L'obiettivo è quello di sviluppare nuovi strumenti di gestione/selezione del benessere animale che potranno essere inseriti negli schemi selettivi in andamento od utilizzati per definire ex-novo nuovi obiettivi di selezione.

Attività	Risultati attessi (IOV)			Attività svolta	Obiettivo raggiunto (SI/NO)	Step	Risultati (Evidenze / riferimenti / link)
	Step 1	Step 2	Step 3
Attività 9.1 Sviluppo indice aggregato benessere		Ereditabilità Indice Aggregato		Stima ereditabilità e dell'indice aggregato	SI	2	9.1_A_Risposta_alla_selezione_N.NatiSCS_Comisana_Step2
Attività 9.2 Sviluppo indice aggregato Capacità riproduttiva			Ereditabilità Indice Aggregato	Stima ereditabilità e dell'indice aggregato	SI	3	9.2_A_IndiceAggregatoCapacitàRiproduttiva_ComisanaMassese_Step3
						3

Azione 10

Azioni di accompagnamento: azioni di informazione, disseminazione e preparazione di report tecnici tematici e relazioni tecnico-scientifiche, anche attraverso ausili informatici e telematici

Al fine di divulgare tra gli allevatori e gli operatori del settore le attività svolte nel presente progetto, saranno sviluppate una serie di iniziative che abbiano come obiettivo la diffusione dei risultati. Questo tipo di attività va anche intesa in termini di sviluppo di una piattaforma Open-data, cosi come descritto nella seguente sezione 6.7, e che permetta l'accesso dei dati/risultati prodotti in modo semplice e dinamico.

Attività	Risultati attessi (IOV)			Attività svolta	Obiettivo raggiunto (SI/NO)	Step	Risultati (Evidenze / riferimenti / link)
	Step 1	Step 2	Step 3
Attività 10.1 Organizzazione di meeting provinciali, regionali e nazionali con gli allevatori	Organizzazione >=1 meeting	Organizzazione >=1 meeting	Organizzazione >=1 meeting	Organizzazione di 5 meeting	SI	1
						2
						3
Attività 10.2 Partecipazione a convegni internazionali		Abstract	Abstract	Analisi delle produzioni, della morfologia e dei difetti	SI	2	10.2_Abstract1_Step2 10.2_Abstract1_Poster 10.2_Abstract2_Step2 10.2_Abstract2_Poster
						3	10.2_Abstract3_Step3 10.2_Abstract4_Step3 10.2_Abstract5_Step3 10.2_Abstract6_Step3
Attività 10.3 Sviluppo sito web con area dedicata	Numero di accessi	Numero di accessi	Numero di accessi	Conteggio del numero di accessi	SI	1
						2
						3